Deteksi Molekuler Burkholderia Glumae Pada Varietas Padi Mekongga Di Kecamatan Indramayu

Abstract

Deteksi patogen penyebab penyakit tumbuhan dapat dilakukan baik secara langsung maupun tidak langsung. Deteksi secara langsung umumnya dilakukan dengan menggunakan metode serologi dan molekuler. Deteksi bakteri patogen dengan teknik molekuler dapat dilakukan dengan teknik polymerase chain reaction (PCR). Penyakit hawar malai yang disebabkan oleh Burkholderia glumae dilaporkan telah menginfeksi tanaman padi di Indonesia. B. glumae dapat terbawa benih sehingga berpotensi menyebar dengan cepat. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui wilayah sebar penyakit hawar malai pada padi varietas Mekongga di Kecamatan Indramayu. Metode yang dilakukan meliputi pengambilan sampel biji padi Mekongga di Kecamatan Indramayu, kemudian diuji secara molekuler. Penelitian ini dilakukan dalam waktu 12 bulan ketika suhu dan kelembapan tinggi serta menjelang panen pada tanaman padi. B. glumae pada biji padi diekstraksi menggunakan DNeasy Plant Mini Kit Qiagen, dideteksi menggunakan primer Hasebe dan Lida, kemudian dilakukan elektroforesis menggunakan 5µl produk PCR pada agarose 1.2 % di dalam Buffer TAE 1x, pada  tegangan 70 V selama 40 menit. DNA ladder menggunakan 100 bp plus dari Thermo Scientific. Hasil amplifikasi PCR terhadap sampel biji padi menunjukkan sampel tersebut positif terinfeksi B. glumae. Hal ini dapat terjadi karena pada saat pengambilan sampel, Kecamatan Indramayu sedang memasuki musim kering, sehingga potensi berkembangnya penyakit hawar malai akan meningkat. Infeksi B. glumae akan meningkat pada suhu dan kelembapan tinggi, sehingga akan berpengaruh terhadap peningkatan insidensi penyakit hawar malai.